| 順位 | タイム | 氏名 | 大学 | 学年 | 日付 | 大会 | 出身校 |
| 1 | 13:09.45 | 佐藤 圭汰 | 駒大 | 2 | 2024年1月26日 | ジョン・トーマス・テリア・クラシック（ボストン） | 洛南 |
| 2 | 13:15.70 | 篠原 倖太朗 | 駒大 | 4 | 2024年9月28日 | Yogiboチャレンジ | 富里 |
| 3 | 13:18.51 | 鶴川 正也 | 青学大 | 4 | 2024年6月28日 | 日本選手権 | 九州学院 |
| 4 | 13.19.00 | 竹澤 健介 | 早大 | 3 | 2007年7月28日 | ナイトオブアスレチックス（ベルギー） | 報徳学園 |
| 5 | 13.19.96 | 砂岡 拓磨 | 城西大 | 4 | 2021年12月10日 | エディオン・ディスタンスチャレンジ京都 | 聖望学園 |
| 6 | 13.20.43 | 高岡 寿成 | 龍谷大 | 4 | 1992年7月2日 | ストックホルム国際競技会（スウェーデン） | 洛南 |
| 7 | 13.20.80 | 大迫 傑 | 早大 | 4 | 2013年11月17日 | 日体大記録会 | 佐久長聖 |
| 8 | 13.21.49 | 上野 裕一郎 | 中大 | 4 | 2007年7月29日 | ナイトオブアスレチックス（ベルギー） | 佐久長聖 |
| 9 | 13.22.01 | 吉居 駿恭 | 中大 | 2 | 2023年9月30日 | アスレチックチャレンジカップ新潟 | 仙台育英 |
| 10 | 13.22.60 | 田澤 廉 | 駒大 | 4 | 2022年4月9日 | 金栗記念 | 青森山田 |
| 11 | 13.23.57 | 佐藤 悠基 | 東海大 | 2 | 2006年8月30日 | ロベレート国際（イタリア） | 佐久長聖 |
| 12 | 13.24.11 | 中野 翔太 | 中大 | 4 | 2023年6月17日 | On Track Night Vienna（オーストリア） | 世羅 |
| 13 | 13.24.55 | 鈴木 芽吹 | 駒大 | 4 | 2023年7月10日 | ホクレン網走 | 佐久長聖 |
| 14 | 13.25.87 | 吉居 大和 | 中大 | 1 | 2020年12月4日 | 日本選手権 | 仙台育英 |
| 15 | 13.26.53 | 渡辺 康幸 | 早大 | 3 | 1994年7月6日 | ロンドンGP | 市立船橋 |
| 16 | 13.26.78 | 三浦 龍司 | 順大 | 2 | 2021年7月14日 | ホクレン北見 | 洛南 |
| 17 | 13:27.98 | 東泉 大河 | 駿河台大 | 3 | 2024年4月13日 | 日体大記録会 | 東農大二 |
| 18 | 13:28.18 | 花岡 寿哉 | 東海大 | 3 | 2024年4月29日 | 織田記念 | 上田西 |
| 19 | 13:28.29 | 溜池 一太 | 中大 | 3 | 2024年7月20日 | ホクレン千歳 | 洛南 |
| 20 | 13:28.67 | 伊藤 大志 | 早大 | 4 | 2024年4月29日 | 織田記念 | 佐久長聖 |
| 21 | 13.28.70 | 川瀬 翔矢 | 皇學館大 | 4 | 2020年12月4日 | 日本選手権 | 近大高専 |
| 22 | 13.28.73 | 花田 勝彦 | 早大 | 4 | 1993年7月31日 | ヘヒテル（ベルギー） | 彦根東 |
| 23 | 13.28.79 | 八木沢 元樹 | 明大 | 3 | 2013年9月29日 | 日体大記録会 | 那須拓陽 |
| 24 | 13.29.11 | 鎧坂 哲哉 | 明大 | 4 | 2011年9月13日 | ロベレート国際（イタリア） | 世羅 |
| 25 | 13:29.21 | 石原 翔太郎 | 東海大 | 3 | 2022年7月16日 | ホクレン千歳 | 倉敷 |
| 26 | 13:29.56 | 黒田 朝日 | 青学大 | 3 | 2024年6月2日 | 日体大記録会 | 玉野光南 |
| 27 | 13:29.61 | 阪口 竜平 | 東海大 | 4 | 2020年2月29日 | ボストン室内 | 洛南 |
| 28 | 13.30.12 | 永田 宏一郎 | 鹿屋体育大 | 3 | 2000年5月3日 | 静岡国際 | 錦江湾 |
| 29 | 13:30.19 | 山口 智規 | 早大 | 3 | 2024年6月2日 | 日体大記録会 | 学法石川 |
| 30 | 13:30.30 | 吉田 礼志 | 中学大 | 4 | 2024年6月2日 | 日体大記録会 | 拓大紅陵 |
| 31 | 13.31.52 | 千明 龍之佑 | 早大 | 4 | 2021年5月4日 | 法大競技会 | 東農大二 |
| 31 | 13.31.52 | 手嶋 杏丞 | 明大 | 4 | 2021年5月4日 | 法大競技会 | 宮崎日大 |
| 33 | 13.32.51 | 川内 勝弘 | 日大 | 3 | 1993年7月31日 | ヘヒテル（ベルギー） | 大牟田 |
| 34 | 13.32.58 | 藤本 珠輝 | 日体大 | 3 | 2021年6月6日 | 日体大記録会 | 西脇工 |
| 34 | 13.32.58 | 唐澤 拓海 | 駒大 | 2 | 2021年7月10日 | ホクレン網走 | 花咲徳栄 |
| 36 | 13.33.14 | 塩尻 和也 | 順大 | 3 | 2017年4月1日 | 金栗記念 | 伊勢崎清明 |
| 37 | 13:33.39 | 斎藤 将也 | 城西大 | 3 | 2024年6月2日 | 日体大記録会 | 敦賀気比 |
| 38 | 13:33.44 | 塩澤 稀夕 | 東海大 | 3 | 2020年2月29日 | ボストン室内 | 伊賀白鳳 |
| 39 | 13.33.51 | 堀尾 謙介 | 中大 | 4 | 2018年11月11日 | 日体大記録会 | 須磨学園 |
| 40 | 13.33.70 | 中村 孝生 | 日体大 | 4 | 1979年6月23日 | ブレーメン国際競技会 | 前橋工 |
| 41 | 13.33.86 | 石塚 陽士 | 早大 | 3 | 2023年7月1日 | ホクレン士別 | 早実 |
| 42 | 13:33.88 | 野村 昭夢 | 青学大 | 4 | 2024年6月2日 | 日体大記録会 | 鹿児島城西 |
| 43 | 13:34.09 | 岡田 開成 | 中大 | 1 | 2024年6月2日 | 日体大記録会 | 洛南 |
| 44 | 13.34.40 | 瀬古 利彦 | 早大 | 3 | 1978年6月22日 | ケルン国際陸上 | 四日市工 |
| 45 | 13.34.53 | 村山 謙太 | 駒大 | 4 | 2014年5月10日 | ゴールデンゲームズin延岡 | 明成 |
| 46 | 13.34.57 | 村山 紘太 | 城西大 | 4 | 2014年9月27日 | アジア大会仁川（韓国） | 明成 |
| 47 | 13.34.64 | 服部 弾馬 | 東洋大 | 4 | 2016年5月7日 | ゴールデンゲームズin延岡 | 豊川 |
| 48 | 13.34.82 | 小池 莉希 | 創価大 | 1 | 2023年9月24日 | 絆記録会 | 佐久長聖 |
| 49 | 13.34.85 | 村澤 明伸 | 東海大 | 3 | 2011年9月13日 | palio della quercia（イタリア） | 佐久長聖 |
| 49 | 13.34.85 | 山本 歩夢 | 國學院大 | 3 | 2023年7月8日 | ホクレン網走 | 自由ケ丘 |
男子5000m 日本人学生歴代トップ50（室内含む）
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